Баянхонгор аймгийн музей анх 1949 оны 4 дүгээр сарын 16-нд аймгийн Бага хурлын Тэргүүлэгчдийн 18 дугаар тогтоолоор нэг гэрт 10-аад үзмэртэй үйл ажиллагаагаа эхлүүлж байжээ. Өдгөө Түүх угсаатны зүй, Байгалийн түүхийн музей гэсэн хоёр салбартай 10 мянга гаруй үзмэр, эд өлгийн зүйлтэй, 17 ажилтантай үйл ажиллагаагаа явуулж байна. Тус музей хоёр салбартай бөгөөд аймгийн төв дэх музейгээс гадна Галуут сумын Чин сүжигт Номун ханы сүм музей гэсэн салбартай.
Түүхэн сурвалжаас харвал, Баянхонгор аймгийн музей 1950-1955 онд ХАА үзэсгэлэн нэртэй гол төлөв самбар зураг үзүүлэнтэй, 1955-1960 онд жижиг модон байшинд, 1960-1963 онд 5 ханатай гэрт байрлан үзмэр цуглуулах ажлыг голлон зохион байгуулж, 1963 оноос Соёлын ордонд, 1972 оноос одоогийн байрлаж байгаа байрандаа иржээ. Баянхонгор аймгийн Түүх, угсаатны зүйн болон Байгалийн түүхийн музейд хосгүй ховор үзвэрүүд олон бий. Тухайлбал, Тарбозаврын бүтэн хэлхээ яс, хүрэл морь, бадамлянхуа цэцэг, Ламын гэгээний хийдэд залагдаж байсан Цагаан, Ногоон дарь эх бурхад зэрэг ард иргэдийн бэлэглэсэн, худалдсан түүхэн ач холбогдолтой хосгүй үнэт 10 мянга орчим үзмэртэй.
Музей тус бүр найман танхимтай. Түүх угсаатны зүйн музей Нэн эртний танхим, Генералуудын, Угсаатны зүйн, Сав суулгын, Шашин, зан үйлийн, Алдартны танхим, Дүрслэх урлаг, уран сийлбэрийн, Уламжлалт зан үйлийн танхимтай. Харин Байгалийн музей Динозаврын танхим, Шавжны, Ургамлын, Чулуулгын, Мазаалайн, Хангайн амьтны, Говийн амьтны шувуудын танхимтай аж.
